În anul 1752, vornicul Ioan Sturdza (1710-1792) a ridicat aici un conac boieresc cu demisol și parter și care avea formă de cruce. În 1782, el a construit o biserică de lemn cu hramurile "Sf. Voievozi" și "Buna Vestire" pentru a servi ca paraclis al curții boierești.
Prima biserică
În anul 1752, vornicul Ioan Sturdza (1710-1792) a ridicat aici un conac boieresc cu demisol și parter și care avea formă de cruce. În 1782, el a construit o biserică de lemn cu hramurile "Sf. Voievozi" și "Buna Vestire" pentru a servi ca paraclis al curții boierești.
Pe pereții vechii biserici construite de vel-vornicul Ioan Sturza s-a aflat următoarea pisanie în limba română cu caractere chirilice: "Această sfăntă beserică întru care se prăznuește seborul sfinților celor fără de trup îngeri Mihail și Gavriil care din temelie sau ziditu de dumnealui Ioan Sturze vel-vornic fiul Sandului Sturze vel-logofătu la leat 1782". În prezent, vechea pisanie se află încastrata în zid într-o încăpere de la parterul aripii de est a Castelului Sturdza.
Biserica actuală
Între anii 1821-1823, marele logofăt Dimitrie Sturdza (1756-1846), fiul lui Ioan Sturdza, și soția sa Elenco, au reconstruit biserica de curte în stil neoclasic, așa cum poate fi văzută astăzi. El a înzestrat-o cu o frumoasă catapeteasmă în stil baroc și cu numeroase obiecte de cult valoroase.
Biserica a fost sfințită la data de 5 ianuarie 1823 de mitropolitul Veniamin Costachi, împreună cu episcopul Meletie Lefter al Romanului. În stânga intrării se află o pisanie în limba română cu caractere chirilice, având următorul text: "Cu agiutoriul Presfintei Troiță a Dumnezeului nostru sau rădicat din temelie acestu sfăntŭ lăcașŭ întru carele se prăznuește Buna Vestire a Maicei D(o)mnului și săborul maimarilor voevozi Mihail și Gavreil de robii lui D(u)mnezeu Dimitri Sturza biv vel logofet fiulŭ lui Ionŭ Sturza biv vel logofet și de soție sa Elenco feica lui Feodor Balșŭ vel vornec spre vecinica lor pomenire. Întru înnoire d(o)mniei Moldaviei pren mărie(a) sa Ioan Sandu Sturza B B [voievod] Moldavei la anŭ 1823 avgostŭ".
În anii următori, biserica a fost înzestrată cu obiecte de cult valoroase precum:
Icoana Maicii Domnului - dăruită bisericii de către soborul Mănăstirii Neamț în data de 8 septembrie 1824, prin mijlocirea mitropolitului Veniamin Costachi. Aceasta este considerată a fi una din cele patru icoane împărătești ale paraclisului Cetății Neamțului, de pe vremea voievodului Ștefan cel Mare.
o cruce din argint, lucrată în filigran - dăruită bisericii de către vornicul Alecu Sturza-Miclăușanu și soția sa Ecaterina în anul 1841 și aflată în naosul bisericii. Aici sunt păstrate fragmente din moaștele a 14 sfinți (Sf. Ap. Andrei, Sf. Ap. Iacob cel Mic, ruda Domnului, Sf. Ap. Întâiul Mucenic și Arhidiacon Ștefan, Sf. Mari Mucenici Dimitrie, Gheorghe, Pantelimon și Iacob Persul, Sf. Mucenici Mina, Elefterie, Trifon și Haralambie, Sf. Mucenițe Varvara, Marina și Parascheva), precum și câteva așchii din lemnul Sfintei Cruci pe care a fost răstignit Mântuitorul Hristos. La 30 noiembrie 2002 Patriarhul Ecumenic Bartolomeu I al Constantinopolului a donat mănăstirii o părticică din moaștele Sf. Apostol Vartolomeu.
Fiul lui Dimitrie, vornicul Alecu Sturdza-Miclăușanu, care îmbrățișase ideile revoluționarilor de la 1848, a murit de holeră în anul 1848, existând suspiciuni că ar fi fost otrăvit din ordinul domnitorului. A fost înmormântat în partea de nord a pronaosului bisericii conacului, pe mormânt aflându-se un portret al vornicului și un epitaf scris de Costache Negruzzi și înscris cu caractere chirilice.
Epitaful scris de Costache Negruzzi.
"Nemernice străine, dacă cumva vei trece
Pe lâng-această mută și tristă peatră răce
Oprește-te și pleacă privirea spre pământ;
Căci într-acest mult jalnic, întunecos mormânt,
Cununa României, de moarte secerată,
E pentru vecinicie aice îngropată!
Patriotism, blândeță, amor religios,
Tot ce în lumea asta e mare și frumos,
Cu Alexandru Sturza în groapă stau închise...
Așa ne arată Domnul că toate-s numai vise;
C-un om nu ia cu sine, când se priface-n lut,
Decât recunoștința binelui ce au făcut.
Ferice însă acela ce las o mângăiere
În inimi sfâșiete de jale și durere;
Un nume scump și dulce vrednicii lui soții,
Și pilde de virtute iubiților săi fii!"
Reparații
În anul 1904, biserica a fost restaurată fără a i se schimba aspectul exterior. În dreapta intrării a fost amplasată o pisanie în limba latină, având următorul text: "TRIUM FRATRUM MICLAUSENENSIUM DEMETRII MATTHAEI Minor natus Georgius cum consorte sua Maria, hanc Ecclesiam consolidare ac restaurare adjuvarunt, Consiliis, laboribus ac disciplina auxilio ferente. Architecta Mediolanense Herc. Peruchetti. A.D. MDCCCCIV." Traducerea în limba română este următoarea: "Cei trei frați din Miclăușeni Dimitrie, Matei, mai micul George cu consoarta sa, Maria, au ajutat la consolidarea și restaurarea acestei biserici, contribuind cu sfaturi, forță de muncă și cunoștințe. Arhitectul milanez Herc. Peruchetti. Anul Domnului 1904".
Ca urmare a desfășurării primului război mondial, la 10 noiembrie 1917, Maria C. Sturza a ridicat bunurile bisericești și le-a dus la palat, fiind restituite bisericii abia în 1931.
În anul 1944, din cauza apropierii frontului, palatul a fost părăsit de Ecaterina Cantacuzino (1873-1953), fiica lui Gheorghe și a Mariei Sturdza, care a luat cu ea odoarele bisericii construite de marele logofăt Dimitrie Sturza la 1823. Ea a refuzat inițial să evacueze biblioteca de mare valoare pe care o adăpostea castelul, predând ulterior Episcopiei Romanului două inventare ale bibliotecii și apoii donându-le.
Înființarea mănăstirii
Rămasă văduvă și neavând copii, Ecaterina Cantacuzino s-a călugărit spre sfârșitul vieții sub numele de maica Macrina. La data de 21 aprilie 1947, ea a donat Episcopiei Romanului Castelul Miclăușeni, plus parcul de 30 hectare de pădure care-l înconjoara, biserica ctitorită de părinții săi (Gheorghe Sturdza și Maria Sturdza, fiica lui Ion Ghica) și toate dependințele, cu scopul de a fi amenajată aici o mănăstire de maici.
La data de 1 mai 1953, autoritățile comuniste au desființat așezarea monastică, iar maicile au fost mutate la Schitul Cozancea din județul Botoșani, domeniul intrând în proprietatea statului. Biserica castelului a fost transformată în biserică parohială.
În perioada regimului comunist, la această biserică a slujit preotul Nicanor Racu (1897-1982), nașul de călugărie al maicii Macrina. Ecaterina Cantacuzino a murit la Schitul Cozancea în 1953, iar osemintele ei au fost aduse în 1970 de preotul Nicanor Racu pentru a fi înmormântate în cimitirul familiei Sturdza de lângă biserică din Miclăușeni.
Reînființarea mănăstirii
În anul 1994, la inițiativa mitropolitului Daniel Ciobotea al Moldovei și Bucovinei, actualul patriarh al Bisericii Ortodoxe Române, Mănăstirea Miclăușeni este reînființată.
În cadrul mănăstirii funcționează Centrul social-cultural „Sf. Ilie" având rol de centru social de sfârșit de săptămână pentru bătrâni din Arhiepiscopia Iașilor, loc de cazare pentru pelerini și loc de desfășurare de activități culturale multiple.
Astăzi, viețuiesc aici 35 de călugărițe. În afara programului liturgic, maicile își desfășoară activitatea în diferite ateliere: de pictură a icoanelor, de încondeiere a ouălor, de croitorie și broderie.
Intrarea Castelului Sturdza în proprietatea Mitropoliei Moldovei și Bucovinei
În anul 2001, Castelul Sturdza a fost retrocedat Mitropoliei Moldovei și Bucovinei.
Prin Hotărârea Guvernului nr. 1170 din 2 octombrie 2003 s-a stabilit, printre altele, realizarea unor reparații de urgență la Castelul Sturdza (satul Miclăușeni, județul Iași) și a unor lucrări de peisagistică în zonele adiacente. În anul 2004, obținând o finanțare de la Banca Mondială, în valoare de aproximativ 2,4 milioane de lei (adică 685.700 euro), Mitropolia Moldovei și Bucovinei a început restaurarea castelului și a dependințelor.
S-au efectuat lucrări de consolidare și restaurare a clădirii și dependințelor, urmând să se mai execute lucrări generate de infiltrarea apei subterane, finalizarea zugrăvelilor interioare și exterioare, respectiv restaurarea picturii.
În prezent, lucrările de restaurare au fost finalizate în totalitate. Mitropolia Moldovei intenționează să organizeze aici un complex muzeistic și un centru de conferințe, celelalte clădiri urmând să adăpostească un centru de zi pentru persoane vârstnice și un centru de pelerinaj. Una dintre clădiri a devenit deja atelier de pictură, atunci realizându-se icoane și ouă încondeiate.